Monacaでデバッグするには、ビルド>デバッグ向けビルド>カスタムビルドデバッガーをビルドして実機にインストールして始める

GooglePlayやAppStoreにあるやつだと
動かないサンプルとかもある

お勧めとしては、まずデバッガーをビルドをしてしまって、
早々にLocalkit + ビルドしたデバッガーで開発することでしょう。
新しいプラグインを追加したら、デバッガーをビルドし直せば良い