VC++2005/VC++2008ではside-by-side（サイドバイサイド）という仕組みがあります。
これに則ってやらないといけません。
とりあえず、side-by-sideとか気にせず必要なランタイムモジュール付きでインストーラを作るなら
VC++2008に付属のインストーラ作成ツールでつくるとよい。
方法 : セットアップおよび配置プロジェクトを使用して配置する
「Visual C++ ライブラリ DLL を共有アセンブリとして配置する処理手順」を参照。
インストールしたexeと必要なモジュールを追加することで必要なインストールファイル（msi）が作れます。
だけどVC++2010ではside-by-side以前の仕組みに戻ったそうです。
不評だったんですかね。
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